嚴重其實是相對而言的概念，一個疾病是否嚴重，需有對比才能知道。任何疾病都有輕微與嚴重等不同程度，而膽總管囊腫本身屬于良性病變，膽總管囊腫是否嚴重需要根據是否可進行根治性手術、是否合并異常癥狀、是否合并癌變進行判斷。
膽總管囊腫需要考慮進行手術切除，因為該疾病本身是膽管癌的高危因素，早期進行手術切除能有效預防后期發生癌變的風險。因此如果能夠進行手術根治性治療，并且手術難度不大，此時便不算嚴重。如果有些患者已經發現膽總管囊腫，但無法手術，或雖然可以進行手術，但每個人存在體質因素、解剖異常等身體結構差異，手術難度風險較高，此時便屬于嚴重的情況。
若膽總管囊腫未合并異常癥狀，則不屬于嚴重情況。但通常膽總管囊腫因為膽總管下端狹窄可導致膽汁排出不暢，可能合并膽總管炎癥、膽總管結石等疾病，而導致反復膽道感染，患者可能出現畏冷、寒戰、高熱、右上腹痛等癥狀，如果存在反復感染癥狀，此時便屬于嚴重情況，即使進行手術治療可緩解，但也同樣增加了手術的難度和風險。
如果膽總管囊腫未合并癌變，此時情況不太嚴重。但膽總管囊腫本身便屬于膽管癌高危因素，如果膽總管囊腫已經合并癌變，便屬于嚴重情況。膽管癌的惡性度較高，且沒有特效、敏感的藥物治療手段，而手術治療只針對早期膽管癌的效果可能較好，因此膽總管囊腫合并癌變可能嚴重影響患者的生存時間。
因此，只能說大部分不存在反復感染、癌變等合并癥，且手術條件好的膽總管囊腫不嚴重，而合并反復感染、癌變，或手術條件不好的患者，則屬于嚴重的情況。通常發現膽總管囊腫的患者需要及時進行手術治療，以免后期病情惡化而影響生存質量。