卵巢巧克力囊腫通常指卵巢子宮內膜異位囊腫，卵巢子宮內膜異位囊腫一般不能自愈。
卵巢子宮內膜異位囊腫是子宮內膜異位癥中的一種普遍形式，是隨著月經周期變化，可能會增大或縮小，但并不會自行消失。不過，也有少數情況下，囊腫較小且患者已接近絕經期，在絕經后囊腫可能會逐步萎縮，但這并不意味著所有情況下都能自愈。
卵巢子宮內膜異位囊腫可能導致月經紊亂、痛經、不孕等危害，因此建議及時就醫并遵循醫生的建議進行治療。比如通過溫水浴、熱敷等，可以幫助放松盆骨肌肉，減少疼痛感。同時，適當的運動也有助于促進血液循環，但要避免劇烈運動，以免囊腫破裂。對于痛經明顯、病變較輕微且沒有生育要求的患者，可以采用高效的孕激素進行周期性治療，如醋酸甲地孕酮片、米非司酮膠囊、孕三烯酮膠囊等。對于囊腫較大（如達到5cm）或有生育要求的患者，手術治療是常見的選擇。手術方式包括病灶切除術、囊腫剝脫術等，旨在將子宮內膜異位囊剝出，減少對卵巢和周圍組織的傷害。