左氧氟沙星在臨床上主要應用于呼吸道感染和泌尿系統感染。但孕婦、哺乳期婦女、18歲以下青少年等一般不建議使用。還有一些副作用副作用如胃腸道反應、中樞神經反應、過敏反應和軟骨損害等，因此需要慎用。
1、胃腸道反應：由于左氧氟沙星對胃腸道產生一定刺激，可能會出現腹部疼痛不適、腹瀉、惡心或嘔吐的癥狀，需要遵醫囑服用；
2、中樞神經反應：可能會出現頭暈、頭痛、嗜睡等副作用，但發生概率較低。由于藥物與受體結合會導致中樞神經興奮，因此對于患中樞神經系統疾病如癲癇，以及精神疾病如焦慮癥的患者，應避免使用此類藥物；
3、過敏反應：一小部分過敏患者會出現過敏反應，嚴重時可能會出現呼吸困難、喉頭水腫、過敏性休克等情況。當患者出現嚴重過敏反應后，應立即停藥并就醫。如果出現皮膚過敏，可先停藥觀察，也可遵醫囑涂抹糖皮質激素類藥物如糠酸莫米松乳膏治療；
4、軟骨損害：有臨床研究發現18歲以下的青少年、兒童用藥后，可能會出現關節病變，如出現關節痛、水腫等，因此不主張這類人群應用左氧氟沙星；
5、其它副作用：應用左氧氟沙星可能會發生一過性血清轉氨酶升高、煩躁不安、結晶尿等情況，但發生概率較低。如果采用注射的方式，可能會出現靜脈炎反應，但通常停藥后即可恢復。
除上述副作用外，老年患者或存在腎功能減退的人群應減量應用。此類人群通常由于年齡增長會有腎功能減退的情況，而左氧氟沙星主要的代謝方式為經腎臟代謝，會使尿藥濃度高于血藥濃度。而對于孕婦而言，左氧氟沙星可能會影響胎兒發育，也應謹慎應用。