每個人的病情不同，慢性腸炎具體治好的時間也有所區別，治療的周期可能從2周至數月不等，建議患者及時到醫院就診，明確診斷后再遵醫囑進行治療，以促進病情的恢復。
如果慢性腸炎是感染引起的，如受到細菌、病毒、真菌或者寄生蟲等感染，患者可出現長期反復發作的腹痛、腹瀉以及消化不良等癥狀，此時需要在醫生指導下使用抗生素、抗病毒藥物等進行治療，可能需要2-4周時間才能治好。
而如果是自身免疫引起的慢性腸炎，在明確病因之后再對癥治療，癥狀多數可以在2-4周內緩解，但通常還需要繼續使用免疫抑制治療3-6個月才可能治好，且在治好后需要定期進行復查，以了解是否存在復發的情況。