兩歲寶寶發燒、抽搐，是否會有后遺癥需要根據病情輕重程度而定，如果兩歲寶寶病情較輕微，病因較單純，通常不會留有后遺癥，如果兩歲寶寶病情較嚴重，病因較復雜，可能會遺留后遺癥，建議及時到醫院就診，遵醫囑給予相應的治療。
1、病情較輕：若兩歲寶寶發燒、抽搐，如果是因體溫上升過快導致單純性的熱性驚厥，或者是因鈣缺乏引起發熱和低鈣性抽搐，通常情況下病情較輕微，及時遵醫囑給予退熱、止驚治療后，抽搐癥狀不再反復，且病情恢復較良好，一般不會留有后遺癥。平時建議要加強對兩歲寶寶的護理，出現發燒癥狀時，應該及時遵醫囑口服布洛芬混懸液等藥物控制體溫，同時需要注意營養均衡，避免出現鈣缺乏。
2、病情嚴重：若兩歲寶寶發燒、抽搐的癥狀反復發生，可能是復雜性高熱驚厥所引起，也可能是致病菌通過血腦屏障導致腦膜炎等疾病所造成，此時病情較嚴重，由于反復抽搐、高熱會增加機體缺氧程度，導致大腦細胞受到損傷，雖然經過積極的治療，也可能會遺留后遺癥，如癲癇、智力低下、運動系統功能障礙等，需要等兩歲寶寶病情穩定后，盡早聯合進行腦康復功能訓練，促進大腦細胞功能，盡量減少后遺癥的發生。