黃連粉外敷的功效與作用是抗菌、行氣止痛等。
黃連粉中的黃連素有抗菌的作用，對許多皮膚癥狀都有治療的效果，如濕疹、濕瘡、耳道流膿等。黃連粉對金黃色葡萄球菌、乙型溶血性鏈球菌、肺炎鏈球菌均有較強抗菌作用，遵醫囑外用時可以有效的緩解皮膚不適。此外，內服黃連粉的作用也可以行氣止痛，可以緩解嘔吐、目赤、心煩、不寐、牙痛、消渴等病癥。黃連粉中的小檗堿對血小板凝塊的收縮也有非常顯著的抑制作用，常用于搶救心、腦動脈血栓患者。需要注意，因為黃連粉性寒，過量久服易傷脾胃，所以脾胃虛寒者忌用。
服藥期間清淡飲食，不吃辛辣肥膩的食物，如辣椒、生姜、肥肉等。