如果您的月經已經推遲了40天，同時伴隨乳房脹痛和疲勞感，這可能是多種原因引起的。首先，考慮到您平時的月經周期規律為28天，這次推遲的時間確實超過了正常范圍。
這些癥狀可能與懷孕有關。懷孕早期可能會出現乳房脹痛、疲勞以及輕微腹痛等癥狀。然而，內褲上出現暗色分泌物可能需要進一步關注，這可能是早孕出血或其他婦科問題的表現。
建議您及時到醫院進行檢查，以確認是否懷孕或是否存在其他健康問題。如果確診為懷孕，并且有少量出血和腹痛的情況，應特別注意是否有流產的風險。
總之，月經周期的變化和相關癥狀可能提示多種可能性，及時就醫是確保健康的最佳選擇。