孔圣枕中丸不能長期服用一般是為了避免身體健康受到不必要的損害。
孔圣枕中丸是含有龜甲、龍骨、遠志、石菖蒲四種藥物成分的中成藥，主要具有補益心腎、益智安神的功效，有助于改善思慮過度、房事不節、長期生病等情況造成心腎不交后引發的失眠、健忘、頭暈、耳鳴、體倦等癥狀。該藥物不能長期服用通常是為了避免患者身體健康受到損害。
因為長期服用孔圣枕中丸，容易增加胃腸負擔，影響脾胃運化吸收，患者可能出現胃脹、食欲不振、惡心、反酸、腹脹等癥狀。并且其中的遠志、石菖蒲都性溫，如果服用孔圣枕中丸的時間過長，還可能會傷陰耗氣，引發陰虛內熱，出現咽痛、牙齦腫痛、便秘、小便短赤等癥狀。此外，藥物一般會通過肝腎代謝，因長期用藥導致肝腎代謝負擔過重，也可能損傷肝腎功能。
為有效治療疾病，合理維護健康，患者應注意在醫生指導下規范用藥。為保證孔圣枕中丸的藥效較好發揮，建議患者治療期間忌煙、酒，以及麻辣火鍋、肥肉、炸雞等辛辣、油膩的食物。