馬錢子堿有強毒性。
馬錢子堿是存在于馬錢子科植物種子中的一種咔唑類生物堿，是一種有機化合物，為無色晶體，無臭，味極苦，微溶于水、乙醇、丙酮，不溶于乙醚，有劇毒，可用作光學異構體的有機化合物拆分試劑。可高度選擇性興奮脊髓后角細胞，引起感覺器官敏感性，可損害腎小管，毒性較大。
馬錢子堿中毒后會破壞中樞神經，導致強烈反應，引起肌肉萎縮，會先脖子發硬，然后肩膀及腿痙攣，蜷縮成弓形，甚至會出現窒息的情況，其表現與破傷風的癥狀類似。誤食后需要立即服用活性炭，并且及時洗胃，絕對的靜置，不可有任何聲音或強光。除此之外，如果是皮膚接觸馬錢子堿，需要立即脫去污染的衣著，用大量流動清水沖洗。眼睛接觸馬錢子堿需要提起眼瞼，用流動清水或生理鹽水沖洗。吸入馬錢子堿則需要迅速脫離現場至空氣新鮮處，保持呼吸道通暢，及時就醫。
馬錢子堿在運輸前應先檢查包裝容器是否完整、密封，運輸過程中要確保容器不泄露、不倒塌、不墜落、不損壞。