通常情況下，大蜜丸可以嚼服，也可以分成小丸吞服，但大多數都是分成小丸吞服。
大蜜丸所用的輔料為蜂蜜，口感較好，可以直接嚼服，對于仍覺得口感較苦或味道不佳的患者，可將大蜜丸搓成長條狀后分成小丸用溫水吞服。大蜜丸即使是加入了蜂蜜，矯正了口感，但仍然掩蓋不住所含的中藥味道，所以服用的時候一般都是將大蜜丸揉搓分開，變成小丸，才能更好的服用。此外，還有一種方法是將大蜜丸水煮后服用，比如服用理中丸治療脾胃虛寒時，可以把藥丸弄碎，加水煮后服用，效果會更好。
服藥期間忌辛辣、生冷、油膩的食物，兒童、孕婦、哺乳期婦女應在醫師指導下服藥。