小肚子兩邊酸脹疼，考慮為生理性因素或病理性因素導致，其中病理性因素常見消化道病變、肌肉病變、泌尿系統病變。建議患者及時就醫，遵醫囑進行相應檢查，明確誘因后予以對應治療。需注意避免自行處理，以免由于錯誤用藥而導致病情加重。
一、生理性因素：腹部在高強度的鍛煉下，由于腹部肌肉負荷過重，產生大量乳酸堆積，進而引起小肚子兩邊肌肉酸脹疼，并伴隨活動時疼痛加重等情況。通常無需特殊處理，可適當進行按摩，促進乳酸排出。日常訓練應循序漸進，避免過度運動，以免引起不適。
二、病理性因素：1、消化道病變：如胃腸炎，通常是飲食不當導致胃腸道受到致病菌感染而引起，可刺激到腸胃黏膜，引發疼痛、惡心、腹痛等癥狀，患者可自覺小肚子兩邊酸脹疼。通常可在醫生指導下服用甲硝唑片、阿莫西林膠囊等藥物緩解；
2、肌肉病變：常見于腰部肌肉勞損，由于腰部肌肉持續長期受力，可出現慢性的反復積累性損傷，導致局部肌肉酸脹、疼痛、無力，且伴隨活動受限，部分患者可自覺小肚子兩邊酸脹疼。建議及時就醫，遵醫囑予以應用推拿等方式治療；
3、泌尿系統病變：如輸尿管結石，常見于日常飲水太少、飲用含有高礦物質的水及炎癥等，均有可能誘發輸尿管結石。而結石在運動過程中掉入輸尿管，迫使輸尿管受到結石擠壓，導致局部黏膜損傷，甚至可伴隨局部炎癥，患者可出現疼痛、惡心、嘔吐等癥狀。在癥狀較輕時，患者可自覺小肚子兩邊酸脹疼。建議及時就醫，在醫生指導下服用鹽酸屈他維林片或凈石靈片等藥物緩解。