副作用通常指藥物治療范圍以外的藥理作用，鮮花餅不屬于藥物因此不存在副作用。鮮花餅吃多了，可能會對身體造成一些不良影響，所以吃鮮花餅時需要注意適量。
鮮花餅吃多了后，往往會引起胃腸道不適感，比如腹脹、腹痛、腹瀉等。同時，鮮花餅中含有較多的碳水化合物、脂肪等，吃多了容易導致身體肥胖，對健康不利。另外，鮮花餅中含有的糖分較多，對高血糖人群而言會造成血糖波動，不利于病情控制。
另外，本身對鮮花餅過敏的人群，吃鮮花餅無論多少都會引起過敏反應，如皮疹、腹瀉、嘔吐等，嚴重時甚至會導致過敏性休克，危及生命。因此，有過敏史的人群，不但不可以多吃鮮花餅，少吃或觸摸鮮花餅也應避免。
鮮花餅中含有鮮花的花青素，也包括維生素等營養物質，對人體有一定益處，適量且合理地吃鮮花餅，在不過敏的情況下，對人體有好處。