甲流遇上大姨媽通常指甲型流感的患者來月經，此時通常能吃藥。
治療甲型流感的常用藥物有磷酸奧司他韋顆粒、扎那米韋吸入粉霧劑、瑪巴洛沙韋片，上述藥物可以抑制甲型流感病毒的神經氨酸酶活性，干擾病毒微粒的釋放，從而抑制甲型流感病毒的復制，起到抗病毒的作用。在這個過程中，通常不會對患者的內分泌、子宮、卵巢產生影響，所以來月經也是可以吃藥的。此外，上述藥物通常在胃腸道被迅速吸收，經肝臟或（和）腸壁酯酶迅速轉化，其代謝物由腎臟排泄，這個過程中一般也不會影響月經，導致月經量異常、月經時間異常等情況。
治療期間要注意休息，室內開窗通風，多喝水，加速新陳代謝。