醫院沖洗耳朵相對比較安全，通常是采用吸引器進行清理。在醫院取耵聹或者沖洗耳朵時，醫護人員會進行消毒處理，防止耳朵內部感染，可以比較安全的將耵聹完全取出。少數人群由于耵聹較硬，因此需要通過耵聹水進行軟化后再取出。
如果在檢查時由于耵聹阻塞外耳道，看不到鼓膜穿孔。在進行耳朵沖洗時，沖洗的水可能會通過外耳道的鼓膜穿孔，進入到中耳，引起中耳發炎，但這種情況較少。通常在進行耳朵沖洗時，醫護人員會注意外耳道的清理，清理過程中，可以逐步檢查患者是否存在鼓膜穿孔。如果有少量水經過鼓膜穿孔，進入到中耳可以引起發炎，患者可以通過抗生素滴耳液進行滴耳，控制炎癥。
通常不建議經常進行耳道沖洗或自行將耵聹取出，耵聹本身具有自潔功能，在吃飯、走路、頭動時耵聹可以從外耳道自行排出。部分人群外耳道耵聹呈疣狀，不容易自行排出，經常會聚集在外耳道，形成外耳道耵聹栓塞，這時會出現耳悶、耳鳴、聽力下降等癥狀，可以通過沖洗耳朵進行緩解，但需要前往正規的醫院進行處理。