白茯苓與赤茯苓在藥用上主要差異在于來源部位、歸屬的經絡系統、特有功效、炮制方法、適用病癥等方面，使用時務必遵循醫囑。
1、來源部位：白茯苓采自茯苓菌核的中心，純白的實體部。赤茯苓特指茯苓菌核外層的紅色部分。
2、歸屬的經絡系統：白茯苓具有多向歸經特性，主要影響心、脾、肺和腎經絡。赤茯苓入心經、脾經和膀胱經是人體內的兩條主要經絡，兩條經絡在中醫理論中都比較重要。
3、特有功效：白茯苓具有顯著的健脾滲濕作用，傾向于滋養性質的藥效。赤茯苓具有顯著的清熱利濕作用，藥性傾向于清爽。
4、炮制方法：在炮制過程中，二者經歷了不同的處理方式，該差異也進一步影響了性質和功效。
5、適用病癥：白茯苓常用于治療水腫尿少、痰飲眩悸、脾虛食少、便溏泄瀉、心神不定等；赤茯苓更多用于濕熱淋濁、帶下等病癥。根據其不同的功效，適用于不同的疾病狀況。
患者必須遵醫囑謹慎服藥，避免藥物選擇不當，導致治療效果受阻。