腸黏膜脫落的原因有便秘，以及細菌、霉菌、病毒感染等，需要使用治療便秘的藥物、控制感染的藥物；腸黏膜脫落會使腸道長期處于炎癥狀態，引起腹瀉，所以也需要使用治療腹瀉的藥物。
1、治療便秘的藥物：治療便秘一般可遵醫囑選擇高滲性瀉藥，如異山梨醇口服溶液、乳果糖口服溶液等，提高血漿滲透壓，從而脫水利尿，治療便秘。
2、控制感染的藥物：如果是細菌感染引起的，可遵醫囑口服頭孢克肟顆粒、阿莫西林膠囊、左氧氟沙星片等抗生素；如果是霉菌引起的，可以在醫生指導下使用克霉唑溶液、伊曲康唑膠囊等藥物治療。病毒感染的情況下，可以在醫生指導下使用利巴韋林片、阿昔洛韋片等抗病毒的藥物。
3、治療腹瀉的藥物：腸黏膜脫落易引起腹瀉，可遵醫囑使用雙歧桿菌三聯活菌膠囊，起到調節腸道菌群的作用；也可以遵醫囑使用蒙脫石散，吸附有害微生物，治療腹瀉。
平時要戒煙戒酒，合理飲食，避免暴飲暴食。