麻腮風和乙腦疫苗同時打不會引起藥物相抑制的不良反應，可以在不同部位同時注射。但臨床不建議體質較差的人群同時注射，兩種藥物之間可間隔1個月接種，如先注射麻腮風，1個月后再注射乙腦疫苗。如果無法隔月接種，最好間隔接種，讓身體有恢復的過程，也能盡可能避免不良反應出現。
單獨注射麻腮風疫苗或乙腦疫苗時，會使機體出現疫苗反應，如注射麻腮風疫苗后，部分人在1-2天或7天左右會出現低熱、一過性皮疹等。多數人在2-3天后會自行消失，個別還會出現高熱的情況，均為常見的臨床反應，無需過度擔心。機體初種滅活乙腦疫苗時，多數反應較少，但復種時不良反應發病率會略微升高，如頭暈、蕁麻疹等。這些癥狀在1-2天后也會自行消失。當體質較差的人同時接種以上疫苗時，可能會使不良反應聚集，加重不良反應，使機體不適癥狀更為明顯，如持續高熱、精神反應較差、嘔吐腹瀉或全身皮疹等癥狀，所以不建議同時接種。
接種疫苗后，需保持注射部位干燥，避免沾水，多休息，注意觀察機體是否出現不適癥狀。如果同時注射麻腮風和乙腦疫苗后，出現嚴重的不良癥狀時，應及時到醫院行進一步檢查和治療。