新生兒一個眼睛睜開，一個眼睛不愿意睜開，有可能是由于一些非病理性的原因導致，但也不排除是由于眼睛感染以及肌肉發育異常等病理性的原因，造成的上下眼皮粘連。出現這種情況建議到醫院就診，及時進行檢查，在醫生的指導下進行針對性治療。
一、非病理性因素：1、生理因素：新生兒剛出生幾天，各方面發育不完善，可能有一些胎汁殘留在眼皮上，導致新生兒可能不會睜開眼睛，一般接下來一星期之內會逐漸睜開，時間不會太長，不用太過擔心；
2、環境因素：如果新生兒所處的環境外面比較亮，新生兒不能夠很快適應外界的光亮，考慮有可能一個眼睛睜開，一個眼睛不愿意睜開的情況。此時建議家長可以給新生兒營造比較溫暖舒適的生長環境，防止刺激新生兒的眼睛；
二、病理性因素：1、眼睛感染：如果新生兒在出生過程中由于受到胎糞，或羊水的污染，很可能會造成新生兒結膜炎，引起眼睛分泌物的增多，可能會糊住眼睛，導致新生兒另一個眼睛睜不開的情況，可能伴有膿性的分泌物，此時可以用棉簽蘸著清水清洗眼部皮膚，及時帶新生兒到醫院就診進行檢查，遵醫囑可涂抹紅霉素眼膏等藥物進行治療；
2、肌肉發育異常：如果新生兒出生很長一段時間一直都睜不開一側的眼睛，考慮有可能與眼睛肌肉發育異常有關，比如說眼睛的肌無力。這是一種先天性的疾病，可以進一步帶新生兒到醫院就診，明確有無眼外肌的發育異常，一般可以通過微創手術進行修復；
3、先天性上瞼下垂：若新生兒的上眼瞼出現明顯無法抬起的情況，考慮先天性的上瞼下垂的可能性，出現這種情況建議患者及時到眼科就醫，排除是否是由于先天遺傳、先天發育不良所致，表現為一只眼睜開一只眼不能睜開的情況。