通常情況下，黃連上清丸和交泰丸的區別主要是成分不同、藥效不同以及適用癥狀不同等。
1、成分不同：黃連上清丸的藥物成分包括黃連、梔子、連翹以及黃柏等，而交泰丸的成分主要是黃連以及肉桂。
2、藥效不同：黃連上清丸是一種清熱劑，有清熱通便和散風止痛的功效，交泰丸的功效主要是清熱去火、消炎止瀉、健脾和胃以及穩定血壓等。
3、適用癥狀不同：黃連上清丸主要用于治療上焦內熱誘發的頭昏腦脹、咽喉紅腫以及小便黃赤等癥，交泰丸則主要用于治療心腎不交誘發的胸中痞悶嘈雜、食欲不振以及失眠怔忡等情況。