導致睡醒一覺起來頭痛的原因有很多，常見于受涼、睡姿不良、睡眠質量差等均可能引起頭痛。除此之外，一些疾病因素也可以導致睡醒后出現頭痛：
一、一般原因
1、受涼：晚上睡覺時長時間開空調、電扇，或開窗吹風，都可能引起腦部血管受涼收縮，血液循環不暢導致頭痛；
2、睡姿不良：枕頭高度不合適可能會造成頸椎異常彎曲，壓迫神經引起頭痛，且患者可能還會伴有脖子兩側肌肉酸痛等癥狀；
3、睡眠質量差：長時間壓力過大、緊張、焦慮、疲勞等情緒會使大腦處于興奮狀態，而人體休息時的腦部供血可能不足以維持正常的血液循環，引起神經-血管緊張性頭痛。嘈雜或明亮的睡眠環境也會影響睡眠質量，同樣會引起頭痛。
二、疾病因素
1、頸椎病：患者本身有頸椎病病史，睡眠姿勢不正確，導致頸椎病癥狀加重，壓迫周圍神經根，刺激或牽拉頭部痛覺敏感組織導致頭痛；
2、高血壓：高血壓患者晨起血壓較高，血壓升高時，可能會引發頭痛；
3、感冒：睡眠過程中受涼或吹風，可能引起感冒發熱，導致患者出現頭痛，可能還伴有肌肉酸痛、乏力、流涕等癥狀；
4、睡眠呼吸暫停綜合征：部分患者存在嚴重的睡眠呼吸暫停綜合征，導致缺氧、二氧化碳潴留，也會誘發頭痛的癥狀；
5、睡眠性頭痛：顧名思義，頭痛的發生與睡眠有關，發生于睡眠中或醒后，可能與生物鐘紊亂有關，發生于50歲以上人群，發作頻繁，每個月發生15次以上，屬于原發性頭痛。
另外，部分腦血管疾病，如腦梗死、腦出血等，一般好發于中老年，既往患有高血壓、糖尿病、高血脂、動脈粥樣硬化病史的人群，如果在睡醒后頭痛，伴隨肢體麻木、偏癱、吐詞不清、口角歪斜等癥狀，需及時前往醫院進行診治。