副作用和毒性反應的區別主要是副作用的影響通常比毒性反應更小，部分副作用和有效改善，毒性反應的改善效果不明顯。
副作用指應用藥物后所出現的，治療目的以外的藥理作用。藥物毒性反應是指藥物引起的嚴重功能紊亂和器質損害的嚴重不良反應。化學藥、中藥、中成藥等藥物通常都有副作用，具體的情況存在個體差異，但是是否存在毒性反應比較難確定，通常副作用的影響比毒性反應更小。常見的副作用包括胃腸道癥狀，主要是惡心、上腹飽脹、消化不良等，還有一些藥物的副作用表現在過敏反應，如藥物性皮疹或者喘息。而藥物毒性反應則是嚴重的不良反應，如過久應用鏈霉素、慶大霉素，有明顯毒性，表現在耳鳴、眩暈、耳聾等。毒性反應對身體危害較大，可累及中樞神經、造血系統、心血管系統，造成肝腎損害等。
有些藥物副作用是可以采取手段減輕的，如應用了糖皮質激素，能夠增加胃酸和胃蛋白酶的分泌，對于需要大劑量、長期使用糖皮質激素的患者，通常會給予抑制胃酸分泌的藥物，來降低消化性潰瘍發生風險，而毒性反應較難改善。
藥物的使用需要嚴格按照醫囑進行，不能自行用藥。