智齒的牙根拔不出來，能不能留下，取決于智齒牙根的具體情況。發生這種情況，需要結合臨床檢查和影像學檢查綜合判斷。正常拔智齒時，應該將智齒完全拔除，以免引起不良并發癥。但是在臨床上若是牙根穩固或者牙根折斷，則可以保留智齒牙根，不用再繼續取出。
在拔除智齒時，如果智齒剩余的牙根穩固在牙槽骨內，沒有發生松動、移位，是可以保留該牙根的，不用再繼續拔除。這種情況一般不會造成并發癥的發生，包括根尖周囊腫、頜骨骨髓炎、頜骨囊腫等，一般不會造成不適。
在拔除智齒時，如果牙根折斷，拔不出來，并且繼續拔牙根的話，需要擴大拔牙創口，增加拔牙風險以及增加并發癥出現的概率，影響患者的術后康復，增加患者痛苦。這種情況也可以保留牙根，不用再繼續拔除。
此時如果再繼續拔除智齒牙根，可能會導致頜骨骨折、下牙槽神經損傷、鄰牙松動等，而且也容易繼發血腫、炎癥感染等術后并發癥，影響患者口腔健康。
在恢復過程中，要注意避免進食刺激的食物，而且要盡量以軟爛的食物為主，也不要太燙，以免對創口造成刺激，誘發持續性出血，使創口不易愈合。