衣原體包涵體是衣原體在增殖的過程中，寄主細胞內形成一種蛋白質性質的病變結構，其在光學顯微鏡下可見，可為圓形、卵圓形或不定形，如果在受檢樣本中發現衣原體包涵體，提示存在衣原體感染的情況。
衣原體是一類專性真核細胞內寄生的原核細胞型微生物，常見致病性衣原體包括肺炎衣原體、沙眼衣原體等。衣原體中的肺炎衣原體主要經呼吸道進行傳播，可導致人體出現咽炎、支氣管炎和肺炎等疾病。沙眼衣原體可通過直接或間接接觸傳播，導致患者出現沙眼或包涵體性結膜炎。沙眼衣原體還可以經性接觸傳播，引起泌尿生殖系統感染。男性患者感染后可能會出現尿道炎、附睪炎、前列腺炎等，女性患者可能出現宮頸炎、尿道炎、不孕癥和異位妊娠等疾病，如果在妊娠期感染沙眼衣原體，還可能會導致流產、早產、胎停等情況，經產道分娩時還可能會傳染給新生兒。
檢查時發現衣原體包涵體時，需進一步檢查確診是否感染衣原體，確診后可使用阿奇霉素、阿莫西林、多西環素、紅霉素以及左氧氟沙星等抗生素進行治療，妊娠期女性感染可以在醫生指導下使用阿奇霉素、紅霉素等藥物治療。