做眼睛矯正手術可能存在眼內炎、矯正效果差、干眼癥、青光眼、角膜內皮功能失代償、繼發性圓錐角膜等危害。但一般在正規醫院進行手術，且術后注意護理的情況下，此類危害出現的概率相對較小。
1、眼內炎：若患者做完眼睛矯正手術后不注意護理，可能會導致細菌感染傷口處，由于炎癥刺激使眼內出血，甚至產生化膿性炎癥，刺激眼部，出現眼睛刺痛、紅腫、脹痛等癥狀。此時可在醫生指導下，使用他克莫司滴眼液、普拉洛芬滴眼液等藥物緩解癥狀；
2、矯正效果差：若患者沒有去正規醫院治療，可能會因為操作不當或晶狀體質量不好，導致矯正效果差，使得眼睛視力短暫性降低，過一段時間視力又升高的現象。這類情況可以通過戴眼鏡、再次進行手術等方式改善，而對于視力能逐漸恢復的情況，一般不需要進行特殊處理；
3、干眼癥：眼睛矯正手術過程中可能會損傷淚腺，導致淚液分泌減少，此時眼睛過于缺水干燥，會出現眼睛干澀、灼燒感、瘙癢等干眼癥的癥狀。可在醫生指導下使用聚乙二醇滴眼液、羥糖甘滴眼液等緩解；
4、青光眼：做眼睛矯正手術后可能會損傷房角，使房水回流受阻，水分淤積，眼部壓力增高，會出現眼睛疼痛、畏光、流淚等青光眼癥狀。可在醫生指導下使用曲伏前列素滴眼液、他氟前列素滴眼液等進行治療；
5、角膜內皮功能失代償：眼睛矯正手術可能會損傷角膜內皮，使內皮細胞數量減少，出現角膜水腫、眼角疼痛等角膜內皮功能失代償癥狀，可在醫生操作下通過穿透性角膜移植手術進行治療；
6、繼發性圓錐角膜：在進行眼睛矯正手術時，如果手術操作失誤，或者纖維板層間的粘合不夠，術后板層相互滑脫，都可導致角膜變薄，進而發展為圓錐角膜。此時可在醫生指導下，通過佩戴角膜接觸鏡，或進行角膜膠原交聯術改善癥狀。