毛果蕓香堿通常具有調節痙攣、促進腺體分泌、引起縮瞳、降低眼壓的藥理作用，除這些藥理作用以外的，就是毛果蕓香堿所不具有的藥理作用，建議不要胡亂用藥，根據藥物的藥理作用，在醫生指導下合理用藥。
1、調節痙攣：毛果蕓香堿通常可以作用于M膽堿受體，興奮睫狀肌M受體，使環狀肌纖維向瞳孔中心方向收縮，引起懸韌帶放松，而晶狀體彈性變凸導致屈光度增加，此時通常只能視近物，而難以看清遠物，起到調節痙攣的作用。
2、促進腺體分泌：毛果蕓香堿能直接作用于副交感神經(包括支配汗腺交感神經)節后纖維支配的效應器官的M膽堿受體，對眼和腺體的作用比較明顯，通常能短暫、溫和地增加外分泌腺分泌，促進腺體分泌，多用于改善眼部干澀、口腔干燥的情況。
3、引起縮瞳：由于毛果蕓香堿能激動瞳孔括約肌的M膽堿受體，起到收縮瞳孔括約肌的作用，引起縮瞳。
4、降低眼壓：因該藥具有縮瞳作用，在縮瞳的同時可使虹膜向中心拉動，導致虹膜根部變薄，從而讓處于虹膜周圍的前房角間隙擴大，房水易于經濾簾進入鞏膜靜脈竇，起到降低眼內壓的作用，所以該藥也常用于緩解或治療青光眼。
此外，該藥還具有引起支氣管平滑肌、肌張力增加、腸道平滑肌興奮、膽道肌張力增加、膀胱肌張力增加、尿道肌張力增加等藥理作用，除這些之外的藥理作用，通常不屬于毛果蕓香堿，需要在醫生指導下用藥。