胃腸型感冒發燒通常是指病毒、細菌或其他病原體如支原體或衣原體入侵導致的上呼吸道感染，從而產生的消化道癥狀。可以依據感染的不同類型，選擇相應的藥物治療。
一、對因用藥
1、病毒感染：病毒感染導致胃腸型感冒發燒的幾率較大，通常都可以自行痊愈。胃腸型感冒發燒的患者，可選擇抗病毒藥物，但是有加重胃腸道癥狀的可能。臨床上比較常用的清熱解毒的中成藥如牛黃解毒片、板藍根顆粒、板藍根沖劑等治療效果較好，也比較安全；
2、細菌感染：18周歲以上的患者可選擇喹諾酮類藥物，如左氧氟沙星等，18周歲以下可選擇阿奇霉素、頭孢菌素、阿莫西林等；
3、衣原體或支原體感染：選擇大環內酯類的抗生素，如紅霉素、羅紅霉素、克拉霉素、阿奇霉素等。
二、對癥用藥
1、解熱鎮痛藥：體溫如果超過39℃，尤其是老人和3歲以下的兒童，高熱可能會帶來各種并發癥。因此可以酌情選擇清熱解毒、解熱鎮痛的非甾體類的消炎藥，如布洛芬、安痛定等。同時為了減少胃腸道反應，也可選擇肛栓，如消炎痛栓、吲哚美辛栓等。并且要盡量的補充水分和電解質，避免退熱藥引起的出汗，導致水分和電解質丟失等不良反應；
2、胃黏膜保護劑：胃腸感冒患者可能會有惡心等癥狀，可能是由于胃酸分泌過多導致，可以應用奧美拉唑、雷貝拉唑等藥物緩解；
3、調節腸道菌群的藥：也可以適當選擇改善胃腸道菌群失調、降低胃腸道蠕動的藥物，如益生菌等。