新生兒重度窒息后，由于腦缺氧會有一定概率產生后遺癥，但也不是絕對的，出現后遺癥的概率與窒息時間的長短有關，一般窒息時間越長，后遺癥的概率就會越高，具體數值無法確定。
新生兒對缺氧的耐受性比成人高，如果短期缺氧引起窒息，一般不會留下后遺癥，如果新生兒缺氧持續時間過長，可能會導致腦組織嚴重缺氧損傷，可能會造成不同程度的腦神經后遺癥，出現智能障礙、生長遲緩等癥狀。新生兒出現嚴重窒息的后遺癥，分為輕度和重度，重度新生兒窒息不一定有后遺癥，但可能有神經系統后遺癥的表現，但后者可以通過物理治療，如按摩，這種癥狀就完全緩解。
新生兒重度窒息本質是缺氧，會引起大腦、心肌、腎臟、肺部等受到損傷，一般發現時，還處于輕微發作的階段，如果搶救及時，并且比較順利，是不會留下后遺癥的，新生兒還是可以健康地長大。但如果家長過于粗心，或者母體在懷孕期間，對胎兒的營養供應不到位，并且搶救不及時，就很可能導致重癥窒息后遺癥的發生，從而引起新生兒出現智力障礙、腦癱、癲癇、支氣管肺發育不良、心律不齊等后遺癥，但具體后遺癥概率無法確定。
如果擔心新生兒重度窒息的后遺癥，建議先在醫院新生兒科觀察一段時間，可以進行血氣分析、X線檢查、心電圖檢查判斷具體情況，如果發現癥狀嚴重，可以在醫院得到及時治療。