陰莖根部尋常疣大多是因為感染了人乳頭瘤病毒后，皮膚上出現的良性增生病變，此時可就醫采取激光治療、冷凍治療、外用藥物、提高免疫力等方法治療。
1、激光治療：通過局部常規消毒后，使用麻醉藥物進行局部麻醉，然后用二氧化碳激光將疣體逐個燒除。這種方法效果較快，但可能會留下輕重不一的瘢痕。
2、冷凍治療：利用液氮對疣體進行冷凍治療，使疣體組織凍死，從而達到治療目的。如果兩周后疣體未能脫落，可以再進行一次冷凍治療。
3、外用藥物：可以使用抗病毒藥物和外用藥膏來防止復發。例如，咪喹莫特乳膏、干擾素凝膠等。但請注意，藥物治療的效果可能相對較慢，且需要持續使用一段時間才能看到明顯效果。
4、提高免疫力：保持均衡的飲食，攝入足夠的營養，有助于增強免疫力。定期進行適量的運動，提高身體素質，增強抵抗力。保證充足的睡眠時間，有助于身體恢復和免疫力提升。
性接觸患處可能導致病毒傳播，因此應盡量避免直接接觸已感染部位。經常清洗外陰和肛門區域，不共用毛巾、浴巾等日常用品，可降低感染風險。