慢病卡和特殊病種并不是一種，慢病卡和特殊病種都屬于我國居民醫療保險的門診慢特病的詳細類別，都有各自的病種和報銷待遇情況。
慢病卡包含的病種主要是指起病緩慢或病程較長、遷延至半年甚至更長時間的疾病，常見疾病包括糖尿病、高血壓、癲癇、再生障礙性貧血、慢性腎功能衰竭、系統性紅斑狼瘡、帕金森、癡呆、強迫癥、焦慮癥、支氣管哮喘、慢性阻塞性肺疾病、腦血管病、軀體障礙、風濕性關節炎等。特殊病種則一般指需長期依靠藥物才能維持病情穩定的慢性疾病，常見疾病包括各種需化學或放射治療的惡性腫瘤性疾病，還有慢性病毒性肝炎、器官移植后的抗排異治療、慢性腎功能衰竭血液透析、血友病、精神病、系統性紅斑狼瘡、帕金森病、兒童孤獨癥、肺結核、慢性心衰、慢性呼吸衰竭、慢性病毒性肝炎、老年癡呆癥等。
雖然特殊病種是屬于慢病的一種類型，而慢性疾病進展到一定程度之后，也會變成特殊病種，但兩者在具體病種方面還是有一定的差別，其包含的范圍不一致。