結膜囊腫手術風險一般不大，目前結膜囊腫手術的發展已經成熟，風險較小，但復發率較高。建議患者進行手術后，在醫生指導下進行復查，以防復發。
結膜囊腫手術包括開窗引流術，是在直視下進行或在腔鏡下進行，還有硬化治療，也就是在超聲引導下進行穿刺抽液，注入硬化劑，破壞囊壁內皮細胞，抑制囊液分泌，達到治療的目的。目前結膜囊腫手術已經較為成熟，且成功率較高，并發癥較少，所以結膜囊腫手術風險一般不大。
但結膜囊腫手術的復發率較高，患者在術后通常要遵醫囑，按時使用消炎眼藥水或眼藥膏，如妥布霉素地塞米松滴眼液、氯霉素滴眼液、氧氟沙星眼膏等。同時應保持眼部的衛生，避免出現感染，減少結膜囊腫的復發的概率。
結膜囊腫主要是結膜上的透明水皰，內部含有液體。如果結膜囊腫較小，外觀沒有較明顯的改變，患者也沒有異常感覺，可以暫時不處理，進行保守觀察。如果結膜囊腫體積有逐漸增大的趨勢，或者導致了眼球的壓迫，則需要在醫生指導下進行手術治療，以防影響患者的視力。
結膜囊腫手術后，患者要注意眼部衛生，避免用手直接接觸眼睛，以免局部感染。患者還應注意清淡飲食，避免吃刺激性的食物，如辣椒等，以免導致病情加重。