二陳丸一般不能長時間服用，否則會對人體產生不良的影響，也有可能會阻礙病情的康復。如果出現了明顯的不良反應，應在醫生的指導下停止使用藥物。
二陳丸是由甘草、茯苓、制半夏、陳皮等中藥制成，具有燥濕祛痰、理氣和胃的功效。二陳丸的藥效很強，但也有一定的毒性，如果吃的時間長了，就會對胃腸產生刺激，引起嘔吐、惡心、腹痛、腹瀉等癥狀，如果時間長了，還會引起人體的抗藥性，如果在第二次服藥的時候，就會對療效產生一定的影響，如果耽誤了治療時間，就會使病情更加嚴重。另外，吃藥之后，大部分都會通過肝臟和腎臟進行代謝，如果長期使用，會增加肝臟和腎臟的負擔，從而對肝臟和腎臟造成損害。因此，二陳丸不宜長時間服用，待身體完全康復之后，再根據醫囑慢慢停用。
患有心臟病、糖尿病、高血壓等慢性病的患者，一定要在醫師的指導下用藥，服用二陳丸的過程中不能吃一些具有滋補作用的藥物，否則會產生藥物的反應。