ERCP膽總管取石有一定的危險，其為一種微創手術，所有的手術均存在風險，ERCP膽總管取石術也是如此。但總體來說，ERCP由于是微創操作，發生風險的概率通常較低。
ERCP是一種有創操作，需要在纖維十二指腸內鏡的直視下進行操作，取石的時候需要在十二指腸乳頭處切開Oddi括約肌，在切開的過程中有可能發生十二指腸穿孔的風險。此時需要對膽管和胰管進行造影，但這些操作對膽道和胰管都會有影響，所以有發生胰腺炎和膽管炎的危險。此外，還有可能發生出血，比如膽道出血、十二指腸乳頭出血等。
如果患者本身存在較多基礎病，比如高血壓、腦梗死、冠心病等，做ERCP膽總管取石的時候有可能會導致上述疾病加重，可能會出現血壓升高、胸痛、腦梗死加重等。做ERCP膽總管取石以后，需要密切觀察患者有無腹痛、發燒等臨床癥狀，而且需要復查血常規、血淀粉酶等，判斷有無上述并發癥。