晚上12點到3點左右肛門瘙癢，可見于多種肛門直腸疾病，如痔瘡、肛瘺、肛裂等，還有可能由直腸肛門手術導致。需要及時到醫院進行檢查，根據具體情況選擇適合的方法進行處理。
1、痔瘡：主要是肛管直腸周圍的靜脈充盈性的擴張迂曲，形成的靜脈曲張團塊的腫物，主要表現為便血，由于分泌物增多，會引起肛門瘙癢。通常晚上12點到3點左右，還有白天都可能發生肛門瘙癢。此外，還有肛門潮濕、排便時有腫物脫出等癥狀。通常可以考慮內服化痔片，還有外用馬應龍麝香痔瘡膏，以及復方角菜酸酯栓肛門內塞治療，還可以考慮行肛門熱敷或者蒸汽浴治療；
2、肛瘺：位于肛管直腸周圍的肉芽腫性管道，瘺管的外口位于肛門附近皮膚，會間斷排出分泌物進而刺激肛門皮膚出現瘙癢癥狀，當晚上12點到3點左右排出分泌物時，可能會出現晚上12點到3點左右肛門瘙癢的情況。如果為單純性肛瘺，可以考慮采取堵塞法治療。如果有其他類型的肛瘺，則建議進行手術，如行肛瘺切除術等；
3、肛裂：是位于肛管皮膚層的小潰瘍，由于潰瘍面會有滲出物，所以也會伴有肛門瘙癢癥狀，可能發生于晚上12點到3點左右。當久坐久蹲、過食辛辣食物后，會加重瘙癢的情況。建議保持肛門皮膚清潔干燥，可以考慮外用馬應龍麝香痔瘡膏，還可以進行肛門熱敷或者蒸汽浴治療，嚴重的情況下還需要行擴肛治療，或者手術切斷內括約肌治療；
4、直腸肛門手術：如肛裂切除術、肛周膿腫切開排膿引流術等，手術后由于肛門有傷口，手術創面會有滲出，所以會刺激肛門出現瘙癢癥狀，當晚上12點到3點左右出現滲出時，可以出現晚上12點到3點左右肛門瘙癢的情況。建議注意肛門衛生，便后洗凈肛門，并且遵醫囑使用稀釋后的高錳酸鉀溫水坐浴。