婚檢不可以不檢查下身，婚檢檢查生殖系統的目的是看男女雙方是否具有正常的生育能力，還要檢查生殖器官是否處于正常狀態，有無畸形等情況。如果不做生殖系統的檢查，實際上就不應該稱之為婚檢，而是普通的查體。
女性婚檢的生殖系統檢查主要是查內外生殖系統有無畸形、月經是否正常、月經周期、有無痛經、有無婦科疾病等。如果女性沒有性生活可以進行肛門指診，如果已經有了性生活可以做陰道檢查。男性婚檢的生殖系統檢查包括陰莖及睪丸的發育狀況、是否存在包皮過長或包莖，以及精索靜脈曲張的觸診等，還需要做相關的化驗檢查，如通過精液的常規檢測來了解精液質量的情況。
婚檢前要先詢問病史，了解男女雙方的身體狀況，有無常見疾病，如高血壓、糖尿病或者心臟病等。另外，家族有沒有遺傳系統的疾病、精神方面的疾病等，還要了解雙方是否為近親屬，近親結婚會增加下一代患遺傳疾病的風險。