眼睛身體是重要的器官，在眼部針灸時，如果操作不當，或由于某些原因的影響，可能會產生一系列危害，如損傷眼球、出血、損傷眼角膜等。建議需要在眼部進行針灸的患者，盡量選擇正規的醫療機構，以降低危害發生的風險。
臨床中醫生治療近視、青光眼、黃斑變性，或視神經損傷等疾病時，一般會選用眶內穴位，如睛明穴、承泣穴、球后穴等。但是上述三個穴位離眼球比較近，操作有一定難度，假如操作不得當，可能會刺傷眼球。由于眼球內部組織比較疏松，血管和神經豐富，假如碰到毛細血管，容易出現血不往外冒，而往里滲的情況，對于有凝血障礙的患者，如果不能及時觀察到血往里滲，可能會造成內部眼壓增高，導致惡心、嘔吐，甚至視野缺損的發生。如果治療動眼神經麻痹，或面癱、眼瞼閉合無力時，針灸眼皮上面的穴位，若患者亂動或操作不精細，則會扎得過深，可能會扎穿眼皮，甚至會損傷眼角膜。
在治療疾病時，如果需要針灸眼部，一般不扎眼眶內部的穴位，而尋求眼眶外物的穴位進行針刺。如果患者針灸的同時還應用活血藥，一定要注意拔針時及時按壓，且按壓時間要夠長，應在三分鐘以上。