黃連和吳茱萸屬于常見的中藥，而幽門螺桿菌是一種細菌，一般不能夠用黃連和吳茱萸治療幽門螺桿菌或幽門螺桿菌感染性胃炎。幽門螺桿菌感染性胃炎在中醫范疇內屬于胃脘痛，需要通過中醫的辨證分型來用中藥進行治療。
對于幽門螺桿菌感染性胃炎，在西醫一般可以用四聯療法來進行治療，比如可以選擇奧美拉唑制劑來抑制胃酸分泌，使用膠體果膠鉍制劑起到保護胃黏膜的作用，以及使用阿莫西林制劑、克拉霉素制劑來殺滅幽門螺桿菌。
沒有明確數據表明，黃連和吳茱萸可以對幽門螺桿菌進行抑制或清除。黃連和吳茱萸配伍叫左金丸，具有瀉火、疏肝、和胃、止痛的功效，可治療肝火犯胃而引起的胃脘痛、嘈雜吞酸、嘔吐脅痛、筋疝痞結、霍亂轉筋等癥狀。在左金丸中，黃連為君藥，能夠起到清肝瀉火的作用，吳茱萸屬于佐藥，能夠疏肝解郁，還能夠佐治黃連之寒涼，以防苦寒傷胃。在治療肝火犯胃型胃痛時，還要配合海螵蛸、煅瓦楞子等藥物，加強止痛的效果。
如果需要使用中藥，需要到中醫內科或中西醫結合科就診，由醫生通過望、聞、問了解情況，避免盲目應用而影響治療效果。出現胃病時在飲食上一定要注意清淡、易消化，而且少量多餐，定時定量。