孩子胃腸型感冒高燒39℃，主要是由于孩子免疫系統尚未發育完善，抵抗力較低，在受涼、淋雨后導致病毒、細菌感染上呼吸道，同時炎癥通過血液循環到達胃腸部位，引起炎癥反應，出現胃腸功能紊亂，如果致病菌影響到體溫調節中樞，就會出現高燒39℃的情況。可以通過一般治療、藥物治療等方式進行緩解。
1、一般治療：孩子胃腸型感冒高燒39℃，家長可以給孩子使用溫水擦浴，能有效控制孩子的體溫，在溫水擦浴結束后應保持身體干燥，選擇寬松、棉質的衣服，不要捂得太嚴實，以免加重病情。還應多給孩子喝溫開水，不要吃辛辣、刺激性食物，可以多吃易消化的食物，如雞蛋羹、小米粥等，以免刺激胃腸道，加重病情；
2、藥物治療：在進行一般治療的同時，如果孩子胃腸型感冒高燒39℃未得到緩解，也可以在醫生指導下適當借助藥物治療。可以使用布洛芬混懸液、復方對乙酰氨基酚片等藥物，若口服藥物效果不明顯，可以采取靜脈注射，如注射用鹽酸克林霉素等。如果伴有腹瀉、嘔吐等癥狀，可以使用蒙脫石散、枯草桿菌二聯活菌顆粒、雙歧桿菌活菌膠囊等藥物進行緩解。