經常使用漱口水漱口并不好，經常使用漱口水可能會導致口腔內菌群失調。通常口腔內正常情況下存在著多種細菌，經常應用漱口水可能會打破菌群的正常平衡狀態，從而可能導致口腔出現相應的病變。
大部分漱口水中都含有抑菌成分或者是消炎抗菌的成分，長期使用對口腔健康會有一定影響。若選擇漱口水的目的是清新口氣，建議在應用一段時間后，停用一段時間，進行交替使用、避免每日使用。頻繁使用漱口水還會有一定副作用，較常見的是菌群失調后導致白色念珠菌感染，部分患者甚至可出現念珠菌性口炎。此外，醫用漱口水的抑菌作用較強，對于口腔內沒有炎癥的患者而言，應避免經常使用醫用漱口水。當出現急性炎癥發作時，患者可遵醫囑使用漱口水進行含漱，但不要擅自頻繁使用，并且在癥狀緩解后應遵醫囑進行停用。
漱口水一般是在飯后使用，因某些原因不能及時刷牙時，可用漱口水清除口腔內食物殘渣，在保持口氣清新的同時還具有一定的清潔作用，以防止細菌增生。而當患者口腔內出現炎癥時，單純依靠抗菌漱口水也不能夠完全消除炎癥，還需及時就診，由醫生給予針對性治療。