越鞠丸和柴胡舒肝丸作用不同，不能直接判斷哪個藥物更好。柴胡舒肝丸的作用比較單一，主要作用是疏肝解郁，能夠治療肝氣郁結所導致的胸脅疼痛、情志抑郁、噯氣、脘腹脹滿等疾病。越鞠丸的治療作用比柴胡舒肝丸更加寬泛，越鞠丸不但能夠行氣解郁，而且能夠治療血郁、濕郁、食郁等，因此要針對不同的疾病特點來選擇越鞠丸和柴胡舒肝丸。
1、越鞠丸：越鞠丸的主要藥物組成有香附、川芎、蒼術、神曲、梔子等，其中香附能夠疏肝行氣解郁，可治療氣郁，川芎能夠活血化瘀，可治療血郁，梔子清熱瀉火，可治療火郁，蒼術燥濕，可治療濕郁，神曲消食導滯，可治療食郁，因此越鞠丸的主要功效是治療六郁癥，比如出現了胸膈痞悶、脘腹脹痛、噯氣、惡心、嘔吐、飲食不消等表現，可以取得一定的效果。臨床上對于常見的胃神經官能癥、胃潰瘍、十二指腸潰瘍、慢性胃炎、膽石癥、膽囊炎肝炎、肋間神經痛，以及女性月經不調等情況，都可通過辨證使用越鞠丸進行調理；
2、柴胡舒肝丸：柴胡舒肝丸的主要藥物組成有柴胡、川芎、陳皮、香附、枳殼、芍藥、甘草，其中柴胡能夠疏肝解郁，香附可理氣疏肝、止痛，川芎活血行氣，陳皮、枳殼理氣，甘草調和諸藥，因此柴胡舒肝丸主要功效是疏肝行氣、活血止痛，主要治療肝郁氣滯、脅肋脹痛。
在使用藥物進行治療時，應按照醫囑按時、按量使用，不可以隨意加量和延長用藥時間。日常除了注意遵醫囑服用藥物之外，還需要注意日常飲食清淡，避免食用油膩、辛辣的食物，同時應注意休息，避免熬夜，注意加強運動鍛煉，增強體質，提高機體的抵抗力。