目前大多數醫院采用全自動內窺鏡清洗消毒機的方式來消毒胃鏡管子，其主要是利用內窺鏡消毒機產生的超微軟酸化水進行消毒，同時也可能會使用酸性氧化電位水進行消毒處理。一般需要消毒1~3分鐘，有利于將胃鏡管子表面和胃鏡腔內的細菌、病菌殺滅，達到良好的消毒和殺菌作用。
正常情況下，經過嚴格消毒以后的胃鏡管子不含有細菌或其他的病原體，不會導致胃鏡檢查者感染傳染病或出現不適癥狀。因此，如果有惡心、干嘔、反酸等胃腸道不適，或者有進行胃鏡檢查的需求，建議去正規醫院進行檢查，安全性相對比較高，消毒效果比較好，不存在交叉感染的情況。
及時進行胃鏡檢查有利于了解自身胃部是否存在炎癥或者潰瘍，同時還可以明確胃部是否出現息肉或腫瘤等疾病，明確疾病后需要配合醫生使用相對應的藥物或采取手術方案治療，有利于病情控制，促進疾病康復。