上頜竇囊腫是否會引起頭疼通常取決于具體的情況，可能不會引起頭疼，也可能會引起頭疼。
1.不會頭疼：上頜竇囊腫通常是由于上頜竇黏膜腺管口堵塞使得黏液潴留于竇黏膜內而形成。臨床上，上頜竇囊腫發展較為緩慢，如果患者的囊腫體積較小時，通常無明顯的癥狀，患者可能不會感到頭疼。
2.會頭疼：當患者的病情進一步發展后，囊腫體積較大，充滿整個竇腔時，患者可能會出現牙疼、面部按壓疼、頭部持續性鈍疼等情況。患者可以按照醫囑服用對乙酰氨基酚片、布洛芬緩釋膠囊、尼美舒利分散片等藥物進行治療，以緩解疼痛。患者還可以通過單純鼻內鏡手術、鼻內鏡聯合下鼻道開窗術等方式進行治療。