陰莖根部有個小疙瘩可能是毛囊炎、扁平疣、生殖器皰疹、尖銳濕疣等原因引起的。
1.毛囊炎：該癥狀一般指整個毛囊細菌感染發生的化膿性炎癥。男性陰囊和陰莖根部有大量的毛囊，若患者平時不注意清潔衛生，就可能導致陰莖根部或陰囊皮膚上出現小疙瘩，病變初期一般不疼不癢，后期可能演變成丘疹性膿皰并出現疼痛。患者可以在醫生指導下外用莫匹羅星軟膏、20%魚石脂軟膏以緩解癥狀。
2.扁平疣：通常由人乳頭狀瘤病毒感染引起，具有傳染性。若長在男性陰莖處，也可導致陰莖根部出現小疙瘩。建議在醫生指導下外涂藥物，如維A酸乳膏、咪喹莫特軟膏，或通過激光等方法治療。
3.生殖器皰疹：通常是一種單純皰疹病毒所致的皮膚病，好侵犯于皮膚粘膜交界處，表現為局限性簇集性小皰。當患者感染之后就會出現陰莖根部長疙瘩的情況，還可能伴有糜爛、潰瘍、瘙癢、燒灼感、疼痛等癥狀。患者可以在醫生的指導下服用抗病毒的藥物進行治療，如阿昔洛韋片、鹽酸伐昔洛韋片等。
4.尖銳濕疣：是由于人乳頭狀病毒感染引起的一種長在皮膚黏膜或者外生殖器的一種贅生物，主要通過性傳播感染。多發生于龜頭冠狀溝和包皮口，也可發生于陰莖根部，導致陰莖根部有小疙瘩。患者出現這種情況可在醫生指導下使用鬼臼毒素酊、重組人干擾素α2b乳膏等藥物治療，也可選擇激光、液氮冷凍或手術切除，切除后進行病理檢查。
此外，也有可能是陰莖損傷導致的，建議患者應該盡快就醫，查明病因后對癥治療。