長期適量吃核桃樹根，一般不會有明顯危害，但長期過量吃核桃樹根，容易加重胃腸負擔，也有可能出現營養缺乏的情況，建議合理搭配各類食物。
1、加重胃腸負擔：核桃樹根含有較豐富的膳食纖維，膳食纖維不容易被腸道吸收分解，若長期吃核桃樹根，沒有控制攝入量，進食過多，可能會導致腸道內容物過多聚積，加重胃腸負擔，引起消化不良，胃腸聚積內容物過多，容易發酵產生氣體，刺激胃腸道，從而出現打嗝、脹氣等不適；
2、營養缺乏：長期過量吃核桃樹根，會增加飽腹感，可導致攝入其他食物量減少，而核桃根的營養成分有限，不能滿足人體全面生長，容易導致其他營養成分攝入不足，可能出現體重減輕、乏力等營養缺乏癥狀，建議合理搭配膳食，做到葷素搭配、營養均衡，滿足人體日常所需。
日常生活中要保持良好的飲食習慣，飲食多樣化，進食適量大豆、肉類、蔬菜，滿足人體所需，避免暴飲暴食、偏食等不良飲食習慣，三餐分配合理，飲食宜清淡，少吃高鹽和油炸食物，更有利于身體健康。