結核性腦膜炎患者的治療療程相對較長，如果患者病情較輕，可能在6-12個月恢復正常。若患者病情較重，可能在18個月恢復正常，也可能需要更長時間才能恢復。
結核性腦膜炎的治療相對比較困難，因為藥物需要通過血-腦屏障，存在一定難度，所以在抗結核治療的過程中，要密切觀察患者自身的癥狀。
如果患者低熱、盜汗、食欲減退、頭痛、嘔吐等癥狀較輕，可能會在6-12個月將病情控制，患者要在醫生指導下足量地使用抗結核藥物進行治療，并且要注意保護患者的腦組織，避免進一步損傷。
如果患者癥狀比較嚴重，如表現為萎靡、淡漠、譫妄、妄想等精神癥狀或意識障礙，部分性或全面性癲癇發作，有時呈癲癇持續癥狀等。此時患者不及時地進行治療，很有可能會因化膿性物質影響到腦脊液循環，出現腦積水，還要進行腦積水引流、減壓，治療時間可能需要18個月左右，甚至更長。
結核性腦膜炎的患者，在治療初期，通常需要絕對臥床休息，避免活動，以免導致顱內壓升高。還需保持室內通風，盡量不要突然變換體位，等癥狀緩解以后可以適當地運動。