一般情況下，幽門螺桿菌檢查不會出錯。臨床通常通過C-13、C-14呼氣試驗，還有血液檢查和胃鏡活檢檢測幽門螺桿菌，檢測準確性相對較高。但可能有一些因素影響造成幽門螺桿菌假陰性，如操作不當、在檢查之前服用了一些藥物等。
1、C-13、C-14呼氣試驗：做C-13、C-14呼氣試驗，具有無創、經濟、便捷等優點，一般不會出錯。若在檢查前服用了抗生素或者是鉍劑、質子泵抑制劑等抗幽門螺桿菌的藥物，如阿莫西林膠囊、枸櫞酸鉍鉀顆粒、奧美拉唑腸溶膠囊等，可能會造成結果呈假陰性。而且在檢查時若沒有按照操作規程，沒有進行嚴格操作，比如吹氣時間短，也可能會出現假陰性；
2、血液檢查：通過對患者血液進行測定，判斷是否存在幽門螺桿菌抗體，從而判斷是否有幽門螺桿菌感染，該檢查一般不會出錯。但如果采血前服用抗幽門螺桿菌的藥物，可導致抗體減少，對檢測準確率有一定影響。而且既往有幽門螺桿菌感染，檢查時呈陰性的患者，也可能會有抗體陽性，所以建議在抗體陽性時，再做C-13、C-14呼氣試驗以明確診斷；
3、胃鏡下活檢：胃鏡下活檢對幽門螺桿菌是否感染的準確率比較高，一般不會出錯。但如果取活檢的位置剛好沒有幽門螺桿菌感染，可導致采樣的標本中幽門螺桿菌過少，可能會造成假陰性。
幽門螺桿菌感染時并不是所有的人都有臨床癥狀，所以建議進行幽門螺桿菌常規查體。如果存在幽門螺桿菌感染，則需要規律進行抗幽門螺桿菌治療后再進行復查。