通常情況下，五聯益生菌和六聯益生菌主要有數量、種類等方面的區別，具體分析如下：
1.數量：雖然五聯益生菌和六聯益生菌都是調節腸道菌群的藥物，但五聯益生菌有五種益生菌，而六聯益生菌有六種益生菌，比五聯益生菌多一種。
2.種類：五聯益生菌主要包括羅伊氏乳桿菌、鼠李糖乳桿菌、乳雙歧桿菌、短雙歧桿菌、動物雙歧桿菌等益生菌；六聯益生菌主要包括短雙歧桿菌、乳雙歧桿菌、約氏乳桿菌、植物乳桿菌、干酪乳桿菌和嗜熱鏈球菌等益生菌。
五聯益生菌和六聯益生菌都具有恢復腸道菌群、改善消化不良、提高免疫力等作用，屬于一種微生態的制劑。