經顱多普勒和核磁共振屬于兩種不同的檢查方式，主要的區別在于檢查形式、檢查目的，以及優勢有所不同。如果存在腦部的病變，通常需要針對性進行檢查，確診后再進行治療。
1、檢查形式不同：經顱多普勒主要是通過B超的方式進行檢查，判斷是否存在顱內的病變。而核磁共振需要在磁場當中進行掃描檢查，判斷是否存在異常病變；
2、檢查的目的不同：經顱多普勒檢查，目的在于判斷是否存在顱內血管方面的病變，同時對于囟門沒有閉合的嬰幼兒，可以檢查腦組織的發育情況。而核磁共振可以判斷是否存在顱內組織異常病變，比如腦腫瘤、腦血管疾病等；
3、優勢不同：經顱多普勒檢查通常沒有明確的局限性，可以針對性地對血管方面的病變進行判斷。而核磁共振檢查可以發現顱內不同的病變類型，但存在一定的局限性，比如體內存在金屬內固定或者有幽閉恐懼癥的患者，不能進行這種檢查。
如果通過檢查發現異常的病理改變，需要根據嚴重程度盡早決定治療方案。應防止后期病情加重，否則可能會引起腦組織損傷，誘發神經功能障礙的后遺癥。