不同的疫苗均有各自的優缺點，滅活疫苗的缺點主要包括免疫效果持續時間短、接種時間相對較長且需要多次接種，以及存在一定的不良反應。
1、由于滅活疫苗在制作過程中可能會出現抗原病毒的損害，影響到疫苗的免疫原性，導致免疫原性下降。所以初次接種形成抗體后，產生的免疫保護作用相對較弱，而產生的抗體會隨著時間慢慢消失，持續時間相對較短。因此，需要多次接種才能產生良好的免疫保護作用，達到預防某種疾病的目的；
2、接種滅活疫苗存在一些不良反應，接種后在體內形成抗體的過程中，容易出現乏力、低熱、頭暈、頭疼以及接種部位紅腫、疼痛等不適癥狀。建議接種滅活疫苗后嚴密觀察接種者的生命體征變化，發現上述不適癥狀時要及時按照醫生的指導進行調理或治療，緩解上述不適。
建議在接種滅活疫苗前先詳細地咨詢接種醫生，掌握疫苗的適宜人群、接種程序、注意事項以及接種后的護理等。避免盲目接種或因接種后護理不當等，影響滅活疫苗的吸收、抗體的形成，失去預防疾病的目的。另外，還要注意接種疫苗后保持清淡飲食，避免不良因素刺激。