臨床中B超檢查只能排除器質性病變，而月經來潮依靠雌孕激素的周期性變化，是體內內分泌水平變化的結果，因此B超沒問題，并不能保證月經一定會來，也可能是由于下丘腦-垂體-卵巢軸異常等因素導致月經不來。
由于月經受內分泌水平的影響，如果女性近期存在精神壓力大，經常熬夜等不良因素，導致內分泌平衡失調，也會出現B超正常但月經不來的現象。此外，如果長期經期同房、服用避孕藥、流產等，也會導致月經不來的情況。
正常情況下，子宮在下丘腦-垂體-卵巢軸作用下，會發生增殖期、分泌期、月經期的改變。如果下丘腦-垂體-卵巢軸由于外傷、腫瘤、感染等因素出現異常，導致卵巢排卵異常，子宮內膜就不會受到雌孕激素的周期性作用，也不會有月經來潮。
除上述常見情況外，有性生活史的女性，如果B超沒問題，月經不來，應查血或尿HCG排除妊娠，因為妊娠后月經可以不來。這是因為妊娠后，受精卵成功在子宮著床，為了受精卵的生長發育，卵巢不會排卵，子宮內膜也不會脫落，所以月經也不再來潮。