在面對意外懷孕時，確定孩子的生物學父親是一個復雜的問題。以下是一些關鍵點可以幫助你理清思路：
首先，我們需要了解女性的月經周期和排卵期。通常情況下，排卵發生在下次月經開始前的14天左右。如果女友的月經從4月4日開始，持續到9日結束，那么她的排卵期可能在4月20日左右。
根據你描述的情況，你們從4月14日開始同房，使用了避孕套和體外射精的方式。這種情況下懷孕的可能性相對較低，但并非完全為零。
然而，在4月28日女友出差期間，她與前男友發生了關系。這可能是導致懷孕的關鍵時間點。根據你提供的信息，前男友在女友正常月經開始的8天前（即4月1日到4月8日之間）與她發生關系，這意味著他們的性行為可能是在她的排卵期內。
關于藥流的問題，藥物流產通常適用于懷孕早期階段（一般在49天內）。如果胚囊已經發育到約1厘米大小，這可能意味著懷孕時間已經超過藥流的最佳時期。此外，藥流的效果還取決于胚胎的著床時間和發育情況。
綜合來看，從時間線和生理學角度來看，前男友導致懷孕的可能性較大。然而，最終確定孩子的生物學父親需要通過專業的醫學檢測，如DNA親子鑒定。
為了避免未來的誤會和情感困擾，建議與女友坦誠溝通，并在必要時尋求專業醫生的幫助，以獲得更準確的診斷和建議。